Při přepisu racionálních vzorců lze stejně jako v černotisku od sebe odlišit stereoizomery.

U cis-trans izomerie se prvky nebo skupiny prvků, které jsou vázány nad rovinou hlavního řetězce, zapisují mezi znaky rozvětvení řetězce za prvkem, na kterém jsou vázány. Prvky nebo skupiny prvků, které jsou vázány pod rovinou hlavního řetězce, se zapisují mezi znaky rozvětvení řetězce před prvkem, na kterém jsou vázány:

Strukturní vzorce optických izomerů se mohou rozepsat do sloupců pod sebou stejně jako v černotisku a jednotlivé substituenty, které jsou pro optickou izomerii rozhodující, zapisovat vpravo a vlevo od hlavního řetězce. Tento zápis je značně rozsáhlý, zvláště u delších řetězců molekul monosacharidů.

I u optické izomerie je možné při zápisu postupovat obdobným způsobem jako u cis-trans izomerie.

Hlavní řetězec se zapíše do řádku tak, že uhlík s číslem jedna (podle názvoslovných pravidel) se zapíše jako první zleva. Pak substituenty orientované vpravo jsou zapsány nad rovinou hlavního řetězce a podle obecných pravidel se zapisují mezi znaky pro rozvětvení řetězce za prvek, na který jsou vázány, tedy vpravo. Obdobně substituenty orientované vlevo jsou zapsány pod rovinou hlavního řetězce a zapisují se před prvek, na který jsou vázány, tedy vlevo.

Pro rozlišení jednotlivých izomerů sacharidů a jejich zařazení do D- nebo L- řady je rozhodující poloha hydroxylové skupiny, a proto při zápisu konfigurace lze zapisovat orientaci pouze této skupiny:

Při zápisu cyklických struktur sacharidů Tollensovými vzorci postupujeme obdobným způsobem, pouze v bočním řetězci, kde se cyklus uzavírá, zapíšeme číslo uhlíku, na který se tento boční řetězec váže: